そういうときの対処法は、次のようにすればOKです。
1) Adobeから、日本語フォントパック(FontPack910_jpn_i486-linux.tar.bz2 )をダウンロードする。
2) 解凍する。JPNKIT というフォルダができます。
3) JPNKITフォルダ内でterminalを開き、以下を実行。
> sudo INSTALL
4) 色々質問がくるので、yes 等を答えてインストールを進める。通常どおりAdobe readerを/opt 以下にインストールしてる場合は、特に考えずに進めてOKです。変更してる場合は適切にインストールフォルダを選択してやる。
5) これで終了。
試しに文字化けしていた日本語pdfファイルを開いてみてください。多分問題なく表示されるはずです。